Das Fach Naturphänomene wird in der 5. und 6. Klasse unterrichtet und entspricht in der Konzeption, wie es in Bad Waldsee umgesetzt wird, den Vorstellungen von Pädagogik am Puls der Zeit: die Schüler arbeiten in Freiarbeit selbständig, aktiv, erforschend, mit Neugier und Genauigkeit. Der Lehrer steht nicht vorne und doziert, sondern ist Lernbegleiter der jeweiligen Schülerteams, unterstützt die Experimente und Protokolle. Er springt nur ein, wenn die Schüler alleine nicht weiterkommen. Die Themen sind vielfältig: da wird der elektrische Stromkreislauf aufgebaut, die Oberflächenspannung des Wassers untersucht, da werden Pflanzen mikroskopiert, die magnetische Wirkung erforscht, ein Tischtennisschläger selbst gebaut, mit Luft experimentiert und vieles vieles mehr. Und wer den "Brennerführerschein" macht, darf sogar selbständig mit dem Gasbrenner arbeiten.